iTunesやiCloud、Exchangeとの連絡先の同期が原因であることが多いです。同期の設定を変更する際は事前にiTunesやiCloudでバックアップすることをお勧めします。
iTunesと同期すると連絡先が消える
iTunesの「情報」タブの一番下に、以下の設定があります。「このiPhone上で置き換えられる情報」の「連絡先」をチェックして同期した場合、iPhoneに保存されている連絡先は一度全て削除され、PC(Mac)のアドレス帳がコピーされます。もしもPC(Mac)のアドレス帳が空の場合は、iPhoneの連絡先も全て消えてしまうことになります。
この場合は、iTunesとの同期の際にバックアップが作成されているはずですので、iPhoneを復元することで連絡先を元に戻すことができます。
iCloudで連絡先の同期をオフにすると連絡先が消える
iCloudで連絡先の同期をオンにしたあとに、連絡先を同期をオフにすると以下のような選択肢がでます。ここで「iPhoneから削除」を選択すると、連絡先が全て削除されてしまいます。
この場合は、連絡先はiCloudに保存されていますので、もう一度iCloudの連絡先同期をオンにすると元に戻すことができます。
auのiPhoneでメールのリアルタイム受信設定後、連絡先が消える
こちらの記事を参照してください。
FAQ:連絡先+ auのiPhoneでリアルタイム受信設定後、アドレス帳が消える